模拟之家-SimuHome - ITP/TOP拓扑文件 https://simuhome.cn/forum-3-1.html Latest 20 threads of ITP/TOP拓扑文件 Copyright(C) 模拟之家-SimuHome Discuz! Board by Comsenz Inc. Wed, 20 May 2026 22:08:35 +0000 60 https://simuhome.cn/static/image/common/logo_88_31.gif 模拟之家-SimuHome https://simuhome.cn/ 求助！！！！！！！！Zeo++画连通性拓步结构的问题 https://simuhome.cn/thread-155-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 lucksanmu Mon, 11 May 2026 07:46:16 +0000 执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因 https://simuhome.cn/thread-148-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 kuaij Thu, 30 Apr 2026 02:07:54 +0000 GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会 https://simuhome.cn/thread-146-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 xuanyx Thu, 30 Apr 2026 02:01:55 +0000 通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp https://simuhome.cn/thread-145-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 xuanyx Thu, 30 Apr 2026 02:01:01 +0000 求组：关于金属铋的力场 https://simuhome.cn/thread-140-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 Lisy Wed, 22 Apr 2026 01:37:43 +0000 模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境,如何确定初始结构以及初始的参数? https://simuhome.cn/thread-132-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 fens Thu, 16 Apr 2026 06:50:13 +0000 复合物体系拓扑合并后，Total charge 不为整数，grompp 警告 https://simuhome.cn/thread-131-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 sshipi Wed, 15 Apr 2026 06:14:35 +0000 TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals https://simuhome.cn/thread-130-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 zchux Wed, 15 Apr 2026 06:11:09 +0000 多次 include ITP 文件，出现 Duplicate moleculetype 重复定义 https://simuhome.cn/thread-129-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 ehsw Wed, 15 Apr 2026 06:07:09 +0000 小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type https://simuhome.cn/thread-128-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 renee Wed, 15 Apr 2026 06:03:13 +0000 石墨烯和Ti3C2的ITP参数 https://simuhome.cn/thread-125-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 sxugm Tue, 07 Apr 2026 02:46:25 +0000 GROMACS 拓扑报错：ITP 文件找不到 / 重复定义分子类型 https://simuhome.cn/thread-121-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 reac Fri, 03 Apr 2026 02:03:56 +0000 GROMACS 运行报错：Undefined atom type 原子类型未定义 https://simuhome.cn/thread-120-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 reac Fri, 03 Apr 2026 02:02:41 +0000 各位老师同学有个 OPLSAA 力场的小问题想请教大家： https://simuhome.cn/thread-115-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 licheng Wed, 25 Mar 2026 04:10:42 +0000 求助！GROMACS2024.1 做蛋白 - 小分子模拟，top 文件错误导致能量最小化失败，该怎么 https://simuhome.cn/thread-113-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 pcc Wed, 25 Mar 2026 03:27:45 +0000 Ambertool和acpype安装和使用 https://simuhome.cn/thread-111-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 lauthirteen Thu, 19 Mar 2026 11:20:10 +0000 生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件 https://simuhome.cn/thread-107-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 lauthirteen Thu, 19 Mar 2026 03:45:51 +0000 拓扑文件报错? https://simuhome.cn/thread-105-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 baomis Wed, 18 Mar 2026 06:49:24 +0000 用 CGenFF 处理 Mol2 文件用于 GROMACS 拓扑时失败，该如何处理？ https://simuhome.cn/thread-102-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 qianwen Wed, 18 Mar 2026 06:43:10 +0000 刘建川・GROMACS | TOP/ITP文件讲解视频 https://simuhome.cn/thread-98-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 admin Mon, 16 Mar 2026 03:01:28 +0000