模拟之家-SimuHome - ITP/TOP拓扑文件 https://simuhome.cn/forum-3-1.html Latest 20 threads of ITP/TOP拓扑文件 Copyright(C) 模拟之家-SimuHome Discuz! Board by Comsenz Inc. Sun, 05 Jul 2026 01:57:20 +0000 60 https://simuhome.cn/static/image/common/logo_88_31.gif 模拟之家-SimuHome https://simuhome.cn/ VMD 脚本统计指定 Z 区间氢键，脚本调试与运行问题求助 https://simuhome.cn/thread-206-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 oeupsgp Thu, 11 Jun 2026 03:45:46 +0000 grompp 报错体系总电荷非零，手动核算与软件结果偏差大求排查 https://simuhome.cn/thread-205-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 coyvdhx Thu, 11 Jun 2026 03:12:31 +0000 CO₂- 水体系交叉相互作用参数修改 GROMACS 实操求助 https://simuhome.cn/thread-201-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 alskxi Thu, 04 Jun 2026 06:44:32 +0000 蒙脱土拓扑文件获取全攻略 https://simuhome.cn/thread-198-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 npttbo Wed, 03 Jun 2026 08:46:11 +0000 求助：磷化物负载 PTFE 有机分子 + 水溶液体系 能量最小化报错（原子无成键势 / 约束 https://simuhome.cn/thread-195-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 gbnjbp Tue, 02 Jun 2026 05:42:52 +0000 Gromacs 蛋白 - 锌离子 - 配体水体系能量最小化仅 107 步未收敛，配位水分子重叠（已 https://simuhome.cn/thread-189-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 hoypinf Thu, 28 May 2026 05:27:36 +0000 分子模拟力场选择的相关问题咨询 https://simuhome.cn/thread-177-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 ZhaoLiu_xyz Fri, 22 May 2026 02:17:00 +0000 分子模拟中缺失的力场参数的获取与处理方案咨询 https://simuhome.cn/thread-174-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 LiHua_888 Fri, 22 May 2026 00:47:00 +0000 基于Martini力场的蛋白质粗粒化建模方法 https://simuhome.cn/thread-160-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 EchoMist Thu, 21 May 2026 06:59:05 +0000 TIP3P水模型itp文件中键角项数量异常的原因与参数优先级 https://simuhome.cn/thread-159-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 LunarWave Thu, 21 May 2026 04:49:11 +0000 求助！！！！！！！！Zeo++画连通性拓步结构的问题 https://simuhome.cn/thread-155-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 lucksanmu Mon, 11 May 2026 07:46:16 +0000 执行晶胞定义时，出现警告：“WARNING: Bad box in file complex.gro”，这是什么原因 https://simuhome.cn/thread-148-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 kuaij Thu, 30 Apr 2026 02:07:54 +0000 GROMOS 53A6 和 ATB 默认用的 GROMOS 54A7 力场差别大吗？跑 MD 的话，最终结果会不会 https://simuhome.cn/thread-146-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 xuanyx Thu, 30 Apr 2026 02:01:55 +0000 通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后，执行以下 grompp 命令：gmx grompp -f em.mdp https://simuhome.cn/thread-145-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 xuanyx Thu, 30 Apr 2026 02:01:01 +0000 求组：关于金属铋的力场 https://simuhome.cn/thread-140-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 Lisy Wed, 22 Apr 2026 01:37:43 +0000 模拟一个小分子在PMMA聚合物中的环境,如何确定初始结构以及初始的参数? https://simuhome.cn/thread-132-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 fens Thu, 16 Apr 2026 06:50:13 +0000 复合物体系拓扑合并后，Total charge 不为整数，grompp 警告 https://simuhome.cn/thread-131-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 sshipi Wed, 15 Apr 2026 06:14:35 +0000 TOP 文件力场包含顺序不对，出现 Missing proper dihedrals https://simuhome.cn/thread-130-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 zchux Wed, 15 Apr 2026 06:11:09 +0000 多次 include ITP 文件，出现 Duplicate moleculetype 重复定义 https://simuhome.cn/thread-129-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 ehsw Wed, 15 Apr 2026 06:07:09 +0000 小分子 ITP 导入后报错：Undefined atom type https://simuhome.cn/thread-128-1-1.html ITP/TOP拓扑文件 renee Wed, 15 Apr 2026 06:03:13 +0000