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    <title>模拟之家-SimuHome - MDP参数</title>
    <link>https://simuhome.cn/forum-5-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of MDP参数</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Thu, 15 Oct 2026 09:31:00 +0000</lastBuildDate>
    <ttl>60</ttl>
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      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://simuhome.cn/</link>
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    <item>
      <title>mdp里的refcoord-scaling和continuation</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-314-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[位置限制加上控压时，refcoord-scaling该怎么选？另外，continuation是不是就表示从检查点接着跑？这两个设置的作用有些分不清。]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 13 Oct 2026 06:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-306-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

学好，我在模拟甲烷在溶剂当中的溶解度，在正式的仿真之前，我先进行了能量最小化，然后先用npt模拟了1ns，热浴和压浴分别为V-rescale 和berendsen，然后又跑了2ns的nvt，使用的热浴也是V-rescale，最后进行了正式的仿 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sat, 10 Oct 2026 02:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS做磷脂膜加电场模拟时体系被压扁</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-301-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例主要涉及 mdp 参数设置，想比较一下更合理的处理方式。

在GROMACS程序中用amber力场模拟，模拟体系是在磷脂膜上插入一个膜蛋白，两侧分布有水分子，图1是加电场之前的初始结构（已经跑了500ns），图2的仿真结果用的是Z方向0.5V/nm的电场，明显体系被压缩很严重 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Thu, 08 Oct 2026 07:25:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>用GROMACS模拟表面活性剂在油/水界面的体系，模拟完表活都跑在一边，没有均匀分配</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-295-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

我模拟的是表面活性剂在油/水界面的体系，表活和油用的GAFF力场，水用的SPC/E模型。用Multiwfn调取Gaussian 09对表活和油(癸烷)进行分子优化并计算RESP电荷，后通过acpype转化为GROMACS可用的文件

主要想确认 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 06 Oct 2026 06:55:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS如何实现恒速剪切？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-292-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

最近想使用GROMACS来实现对膜蛋白的恒速剪切，在GROMACS的参考手册中找到了两种方法（ ... ecial/shearing.html），一种是使用deform来进行盒子的变形，另一种是使用自由能lambda-耦合方法

主要想确认：GROMAC ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Mon, 05 Oct 2026 08:00:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>蛋白-小分子动力学模拟的tc-grps的设置问题</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-284-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

用GROMACS做蛋白-小分子动力学模拟的时候，在热浴NVT之前，需要把蛋白和小分子绑定在一起，mdp文件也要把tc-grps做相应修改，例如改成Protein_lig Water_and_ions

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 02 Oct 2026 11:50:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>动力学跑完后体系出现真空层</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-280-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例主要涉及 mdp 参数设置，想比较一下更合理的处理方式。

我的体系是一个有孔的材料，两侧和孔内用solvate填充了水，能量最小化后结构还是正常的（图1），但是跑完动力学后在材料的一侧出现了真空区（图2），且两侧水的密度变大了，体系中水的数量不变

主要想确 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Thu, 01 Oct 2026 06:50:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>.mdp中Verlet-buffer-tolerance以及rlist的配置问题</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-269-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

对等能量(NVE)模拟, 缓冲大小由对应于速度(无论由何种合适的方式产生, 或由输入文件提供)的温度来决定. 此外, 容差可以设置为–1, 并手动指定缓冲:rlist &gt; max . 得到合理缓冲大小的最简单方法是: 利用NVT的mdp文件并将 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 27 Sep 2026 12:20:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-262-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我想模拟100个A\'分子（A分子被催化后得到A\',其呈现非电中性）的结合倾向（期望结果是：3个A’分子结合成团簇结构）。由于体系呈现非电中性，因此采用非周期性边界条件模拟

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 25 Sep 2026 06:55:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>计算蛋白配体分子间相互作用能的操作是否合理？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-257-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我目前已经完成蛋白配体的分子动力学模拟，现在计算蛋白配体分子见的相互作用能，不知道我的操作是否合理，请给出意见 ；提取建立新组的轨迹随后进行 请问这样操作是否正确，如有问题烦请告知正确的操作

关键命令：


 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 23 Sep 2026 12:30:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>聚合物玻璃化转变温度计算</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-246-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个案例主要涉及 mdp 参数设置，想比较一下更合理的处理方式。

及好:最近在用GROMACS模拟聚合物的玻璃化转变温度Tg,从较高温度(1000K)下开始降温到550K,平衡8ns后正式开始模拟降温. 模拟速率为10K/ns,2ns的平衡过程,后1ns的数据计算密度(这部分和文献保持一致),但是目 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 20 Sep 2026 06:55:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>在mdp中deform设置拉伸膜后如何分析膜的力学性能？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-240-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

附上我的mdp参数以及拉伸前后的gro文件mdp： Run parameters

主要想确认：在mdp中deform设置拉伸膜后如何分析膜的力学性能？]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 18 Sep 2026 07:10:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>油/水/表面活性剂界面张力模拟中盒子持续拉长，参数该怎么调？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-234-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

我在测定一个表面活性剂对油水界面体系的表面张力降低程度，在做固定x,y轴，允许z轴变化的npt模拟时发现体系会一直被拉长，以下是我的体系和我用的mdp文件，请问这应该如何处理？

主要想确认：油/水/表面活性 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 16 Sep 2026 06:45:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>50 ns后RMSD看似稳定但结构被“拉丝”，mdp参数该怎么排查？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-225-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我做了一个50ns的模拟，看rmsd应该是稳定了，但是抽了几帧结构发现跑拉丝了。Run parametersintegrator = md ;

主要想确认：50 ns后RMSD看似稳定但结构被“拉丝”，mdp参数该怎么排查？ ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Sun, 13 Sep 2026 06:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS模拟退火问题</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-219-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我一个问题：我想通过退火模拟取不同温度下的结构进行优化，可行吗？下面是我的npt系综的mdp文件 define = -DPOSRESintegrator = md ;

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？ ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Fri, 11 Sep 2026 06:45:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>GROMACS里面的rvdw-switch参数的问题</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-211-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

最近发现之前用GROMACS跑的分子动力学中，有一个参数rvdw-switch被我设置成了1.0，而我看文档中它的默认值是0，我想知道这个参数会对我的仿真体系有什么影响吗？

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 08 Sep 2026 12:25:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>【请教】GROMACS中利用deform进行单轴压缩/拉伸模拟的参数设置与机制疑问</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-207-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位老师、同学好：最近我正在开展两个蛋白质在水溶液中的非平衡态自组装模拟。为了探究非平衡态下蛋白分子间及分子内相互作用力的动态演变，我需要对整个体系或特定蛋白进行拉伸/压缩操作。蛋白形貌如下图所示：
在查阅相关资料时，我看到关于“GROMACS拉伸、剪切、压 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>dayu8278</author>
      <pubDate>Fri, 12 Jun 2026 13:26:57 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>蛋白对接后 MD 模拟结合位点与实验已知位点不符，该如何优化？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-200-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[各位做蛋白 - 蛋白相互作用模拟的前辈、大佬好！

我最近在做两个蛋白的复合物模拟，遇到了结合位点对不上的问题，想请教大家该怎么调整更合适。

我先通过蛋白对接软件对两个蛋白进行对接，之后选用了对接得分最高的构象，跑了 400ns 的 MD 模拟。
模拟时在 mdp 里设置 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>ydllql</author>
      <pubDate>Thu, 04 Jun 2026 03:39:55 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>求GROMACS中伞型采样算法应用详解</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-194-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[求各位大神GROMACS中伞型采样算法应用详解！！]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>vxewop</author>
      <pubDate>Mon, 01 Jun 2026 05:34:35 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>请问如何用gromacs来计算溶液电导率</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-187-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[大家好，请教一个 GROMACS 计算静态电导率的问题。

我看官方说明里写：
gmx current 可以计算介电常数和电流自相关函数，如果轨迹包含速度，就能通过电流自相关函数算静态电导率，也能用 Einstein-Helfand 拟合得到。

我在 prod.mdp 里已经设置：
gen-vel = yes
给体 ...]]></description>
      <category>MDP参数</category>
      <author>dzbuskj</author>
      <pubDate>Tue, 26 May 2026 06:52:17 +0000</pubDate>
    </item>
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