模拟之家-SimuHome - MDP参数 https://simuhome.cn/forum-5-1.html Latest 20 threads of MDP参数 Copyright(C) 模拟之家-SimuHome Discuz! Board by Comsenz Inc. Wed, 20 May 2026 22:09:11 +0000 60 https://simuhome.cn/static/image/common/logo_88_31.gif 模拟之家-SimuHome https://simuhome.cn/ 想请教一下各位前辈，在真空中单独一个小分子的 NVT 系综分子动力学模拟，完整的流程 https://simuhome.cn/thread-157-1-1.html MDP参数 shouss Wed, 13 May 2026 06:14:09 +0000 想请教一下，只对孤立小分子在真空环境下做 NVT 模拟，具体步骤是怎样的？ https://simuhome.cn/thread-150-1-1.html MDP参数 sunshe Thu, 30 Apr 2026 02:15:21 +0000 我用 gmx genrestr -f POPC.gro -o posre_POPC.itp 生成了位置限制文件... https://simuhome.cn/thread-144-1-1.html MDP参数 lucks Mon, 27 Apr 2026 02:26:19 +0000 目前计划自主构建粗粒化分子力场，想咨询完整的参数设计思路。分子内成键参数已有一定 https://simuhome.cn/thread-137-1-1.html MDP参数 Xuab Mon, 20 Apr 2026 03:01:26 +0000 请问一般情况下NVT,NPT,MD需要跑多少步就是，步长一般设置多少？ https://simuhome.cn/thread-134-1-1.html MDP参数 accs Fri, 17 Apr 2026 02:37:41 +0000 参数设置不当，NPT 平衡报大量 LINCS 警告、模拟直接崩溃 https://simuhome.cn/thread-127-1-1.html MDP参数 mojianl Tue, 07 Apr 2026 02:54:16 +0000 求助：gromacs模拟MXene膜固体材料 https://simuhome.cn/thread-117-1-1.html MDP参数 sxugm Thu, 26 Mar 2026 07:49:31 +0000 请问最小化（energy minimization）时出错，如何解决？ https://simuhome.cn/thread-103-1-1.html MDP参数 wutian1 Wed, 18 Mar 2026 06:44:52 +0000 GROMACS 中退火模拟的完整正确流程是什么？ https://simuhome.cn/thread-101-1-1.html MDP参数 河空空 Wed, 18 Mar 2026 06:36:54 +0000 求助：蛋白 - 蛋白复合物真空中能量最小化报错 https://simuhome.cn/thread-100-1-1.html MDP参数 河空空 Wed, 18 Mar 2026 06:35:44 +0000 对于 GROMACS 外加电场下的非平衡模拟，是否需要对离子进行控温 https://simuhome.cn/thread-92-1-1.html MDP参数 Mirage Fri, 13 Mar 2026 03:21:47 +0000 关于PMF中参考组和牵引组的设置 https://simuhome.cn/thread-89-1-1.html MDP参数 Lisy Fri, 13 Mar 2026 02:07:47 +0000 运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found https://simuhome.cn/thread-84-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:51:15 +0000 错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1 https://simuhome.cn/thread-83-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:50:56 +0000 运行gromacs时候，设置了energygrps参数之后运行效率变慢 https://simuhome.cn/thread-82-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:50:36 +0000 错误：Unknown left-hand \'#energy-grps\' https://simuhome.cn/thread-81-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:50:16 +0000 运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp https://simuhome.cn/thread-80-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:49:57 +0000 错误：There is no domain decomposition for ... https://simuhome.cn/thread-79-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:49:36 +0000 能量最小化时出现 Stepsize too small, or no change in energy https://simuhome.cn/thread-78-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:49:17 +0000 错误：With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10 https://simuhome.cn/thread-77-1-1.html MDP参数 hutu8 Tue, 10 Mar 2026 06:48:54 +0000