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    <title>模拟之家-SimuHome - 课题设计</title>
    <link>https://simuhome.cn/forum-6-1.html</link>
    <description>Latest 20 threads of 课题设计</description>
    <copyright>Copyright(C) 模拟之家-SimuHome</copyright>
    <generator>Discuz! Board by Comsenz Inc.</generator>
    <lastBuildDate>Wed, 14 Oct 2026 21:37:36 +0000</lastBuildDate>
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      <title>模拟之家-SimuHome</title>
      <link>https://simuhome.cn/</link>
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      <title>CADD转向AI辅助药物设计，应该学什么？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-318-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[做过一些CADD，想继续学习AI辅助药物设计。希望学到的内容能用在具体科研问题上，基础知识、数据处理和模型应用之间该怎么安排？]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 14 Oct 2026 12:20:03 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>分子动力学能否在极端环境（极温差、紫外辐照、质子辐照）下模拟玻璃？</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-299-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个课题设计层面的思路问题，看看哪种方案更合适。

以前从未搞过模拟，因为是课题组接了项目，项目主要是关于一些硅氧基纤维及其制品（铝硅酸盐玻璃纤维和玄武岩玻璃纤维）性能服役，想问一下GROMACS或者LAMMPS能不能实现对比较复杂的玻璃在极端环境（极温差、紫 ...]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 07 Oct 2026 13:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Interaction Entropy：相互作用熵</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-277-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这个问题更偏模拟方案设计，先把方法路线讨论清楚。

蛋白质-配体结合自由能的高效和可靠计算是计算生物学中的重大挑战，并且在药物设计和其他分子识别问题中是至关重要的。目前，用于精确计算蛋白质-配体结合自由能的最严格方法是FEP和TI

主要想确认：如果要把这个思 ...]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Wed, 30 Sep 2026 08:10:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>结合自由能计算-蛋白蛋白结合自由能计算方法</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-254-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个课题设计层面的思路问题，看看哪种方案更合适。

分享一下基于几何路径的蛋白蛋白结合自由能的运算方法：那么实现这样的一个目标主要需要以下几个软件（网站）：1. CHARMM-GUI：获得输入文件（pdb、psf等）2. BFEE2：获得模拟的输入文件、结果处理等3. NAMD：模 ...]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 22 Sep 2026 12:05:02 +0000</pubDate>
    </item>
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      <title>经典分子动力学模拟力场发展</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-231-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[整理一个值得讨论的技术点，核心内容如下。

没做计算有四五年了，这会有课题又需要用到模拟，然后下载最新版本的GROMACS 2024，感觉这些力场这么长时间没有什么新变化还是之前那些 amber charmm27 （charmm36还需要自己手动引用一下）. 看近几年的一些文章用的也是还是 ...]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Tue, 15 Sep 2026 06:15:02 +0000</pubDate>
    </item>
    <item>
      <title>Intel 14代CPU 14700K 大小核运行GROMACS最佳效率</title>
      <link>https://simuhome.cn/thread-216-1-1.html</link>
      <description><![CDATA[这类问题关键不是单条命令，而是前期模拟路线怎么定。

Intel 14700K是8P核+12E核设计，共28线程，GPU是4090D1:看了做的测试，了解到单显卡单任务调用12核左右效率最高， * -ntmpi 1 -ntomp 12 -pin on -update gpu2:如果确实想同时运行2个任务，应该如何设置-pinoffset ...]]></description>
      <category>课题设计</category>
      <author>模小助</author>
      <pubDate>Thu, 10 Sep 2026 08:10:02 +0000</pubDate>
    </item>
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