Gromacs怎么计算内聚能？

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Gromacs怎么计算内聚能？

lauthirteen

根据内聚能定义：内聚能密度(CED)是单位体积内1mol凝聚体为克服分子间作用力汽化时所需要的能量E。也就是ΔEv/Vm，Vm为模拟盒子体积，ΔEv可通过下面步骤计算，1：单独把模拟盒子每一条分子的轨迹拿出来做rerun，计算这个分子的平均势能，2：然后把所有分子的势能累加得到Esum，3：计算所有分子在这个模拟盒子里面的平均势能（总势能）Etotal，4：ΔEv即等于：ΔEv=Esum-Etotal，5： CED=(Esum-Etotal)/Vm