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请问如何用gromacs来计算溶液电导率

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发表于 2 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
大家好,请教一个 GROMACS 计算静态电导率的问题。


我看官方说明里写:
gmx current 可以计算介电常数和电流自相关函数,如果轨迹包含速度,就能通过电流自相关函数算静态电导率,也能用 Einstein-Helfand 拟合得到。


我在 prod.mdp 里已经设置:
gen-vel = yes
给体系生成了初始速度。


现在想请教:


  • 我接下来具体用什么命令计算静态电导率?
  • 输出的哪个文件是静态电导率结果?
  • 需不需要额外修改 mdp 参数?

希望有经验的朋友指点一下,非常感谢!



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