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请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量(进出数量)

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发表于 3 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
我研究的是蛋白通道残基突变对进入活性位点水分子数量的影响,核心需求是:对 MD 模拟轨迹,统计穿过通道 / 进入活性口袋的水分子净流量、总进出次数我自己翻了很多教程和手册,没找到 Gromacs 自带的直接统计工具,所以想请教大家:Gromacs 有没有原生工具 / 命令可以直接统计指定区域内水分子的进出数目、流量?如果有,具体命令和索引组该怎么设置?
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