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求助:GROMACS 如何计算分子沿 Z 轴方向的自扩散系数?

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
我想请教一个轨迹分析的问题:我平时用 GROMACS 计算的都是整个体系的平均自扩散系数,但现在需要单独统计分子沿 Z 轴方向的分向自扩散系数,找了很久命令和教程都没弄明白。计算 Z 轴方向自扩散系数,具体用gmx msd的哪个参数?索引组、mdp 或者命令行该怎么设置才能限定方向?有没有其他工具 / 脚本可以实现这个功能?麻烦有做过方向扩散系数分析的大佬指点一下具体操作,非常感谢!
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