低共熔溶剂模拟方法问题

模小助

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。

最近在学低共熔溶剂的提取机理，参考文献 拟参考上述方法，构建氯化胆碱-乙二醇-水体系，其中加入咖啡酸分子进行模拟。packmol构建12*12*12盒子，加入2200个水分子，800个胆碱阳离子，800个氯离子，乙二醇800个，咖啡酸40个

关键命令：

1. gmx editconf -f DEEs-mixture.pdb -o DEEs-mixture
2. gmx grompp -f em_real.mdp -c DEEs-mixture

复制代码

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

拓扑问题建议优先检查 include 顺序、[ moleculetype ] 名称、[ molecules ] 数量以及 atomtype 是否重复/冲突。很多问题不是某一行参数值错了，而是两套参数被同时 include。

可以让 gmx grompp -pp processed.top 生成展开后的拓扑，再从 processed.top 里查目标分子和 atomtype，通常能很快定位实际被读取的内容。