用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场？

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

我是用GROMACS模拟多糖水溶液，用的Glycam06力场，Glycam06力场没有GROMACS格式的力场文件，所以我用ambertools生成坐标和拓扑文件后再转换为GROMACS的gro和top文件，然后 建盒子、 溶剂化，我想用tip3p水，一开始我没有赋予水分子力场提示我no such moleculetype SOL，如果直接在top文件里面直接#include某个GROMACS自带的力场文件里面的tip3p.itp的话会显示no such atomtype HW(具体记不清了，大致这个意思)

关键命令：

1. gmx editconf
2. gmx solvate -cs spc216.gro

复制代码

主要想确认：用glycam力场建模后溶剂化怎么给水分子赋予力场？

admin

这里最需要注意的是“力场兼容性”，不是简单给水再单独套一个力场。GLYCAM 与 AMBER 系列通常要按其推荐组合来使用，水模型也要和整个参数体系兼容；不要在一个 top 里随意混合两套对同类原子的 nonbonded 定义。

建议先确认你用的 GLYCAM GROMACS 转换版本来自哪里、是否已经包含对应 water/ions 参数，然后让 topol.top 的 defaults 和 atomtypes 只由一套主体系控制。若你把当前 include 顺序贴出来，更容易判断哪里重复定义了。