警告，范德华半径未指定

模小助

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。

这是我的命令echo 6 | #选择的AMBER99SB-ILDN 力场 在最后一个命令时，有一个警告Initialising inter-atomic distances...WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessedbased on residue and atom names……

关键命令：

1. gmx pdb2gmx -f rec.pdb -o rec_processed.gro -ignh 1
2. gmx editconf -f rec_processed.gro -o newbox.gro -bt cubic -d 1.0gmx solvate -cp newbox.gro -cs spc216.gro -p topol.top -o solv.gro

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核心报错/现象：

1. 警告Initialising inter-atomic distances...WARNING: Masses and atomic (Van der Waals) radii will be guessedbased on residue and atom names, since they could not bedefinitively assigned

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主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？