GROMACS如何实现恒速剪切？

模小助

整理一个平衡/生产阶段的参数问题，结果对设置比较敏感。

最近想使用GROMACS来实现对膜蛋白的恒速剪切，在GROMACS的参考手册中找到了两种方法（ ... ecial/shearing.html），一种是使用deform来进行盒子的变形，另一种是使用自由能lambda-耦合方法

主要想确认：GROMACS如何实现恒速剪切？

admin

mdp 参数最好按“力场推荐 + 体系物理特征 + 模拟阶段”一起判断，不能只看某个参数是否等于默认值。建议把邻居表/非键、温压耦合、约束与时间步长作为一组核对。

如果是从现有文献复制的 mdp，也要注意 GROMACS 版本差异和已废弃选项。先做短时间测试并检查 log 中实际采用的参数，比只看 mdp 文件更可靠。