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怎么使用Packmol构建两个石墨烯炭层以及炭层间放入一些溶剂溶质分子?

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
这个案例还在前处理/建模阶段,想先把构建思路确认清楚。

我现在想用GROMACS跑一个分子动力学,我想建模设立两个石墨烯炭层,然后在两个炭层之间放入水溶液(水分子和离子液体的阴阳离子),然后跑完MD后,我的目的是观察溶液中阴阳离子和水分子在近炭层表面的分布状况。所以在靠近电极和远离电极的方向上不考虑周期性边界条件,而另外两方向需要考虑周期性

主要想确认:怎么使用Packmol构建两个石墨烯炭层以及炭层间放入一些溶剂溶质分子?
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