进行简单聚合物聚丙烯酰胺的能量极小化时分子跑散，键长很长？

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

打扰了，我是刚开始接触GROMACS，在进行能量极小化后成功了，但是用VMD打开却是分子与分子之间是断键散开的。我的整个做法是1.先建立模型，然后进行初步的结构优化后生成pdb文件

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

能量项的解释要结合 gmx energy 中实际选取的 term。若想比较两组分子之间的非键相互作用，必须确保在生成 tpr 时已经按版本允许的方式定义了对应能量分组，并明确短程 Coulomb/LJ 项并不等同于完整结合自由能。

如果做的是同组分子内部能量，还要小心 1-4、排除项和分子内非键作用的定义。建议先写清楚你真正想回答的是“相互作用强弱”还是“自由能/稳定性”，两者分析路线不同。