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Atom X in residue YYY not found in rtp entry??

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新手上路

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发表于 2026-3-10 14:05:54 | 显示全部楼层 |阅读模式
我在运行gromacs时候出现下面错误:Atom X in residue YYY not found in rtp entry。请问大家应该如何解决呢?

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管理员

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发表于 2026-3-10 14:50:14 | 显示全部楼层
PDB文件中某个残基的原子命名与力场.rtp文件中的标准命名不匹配,或者该残基确实缺失了力场所需的某个原子(通常是氢原子)。这是最常见的情况。检查并修改PDB文件中的原子名,使其与力场.rtp文件中的命名完全一致(注意大小写和空格)。如果是氢原子缺失,可以尝试使用-ignh选项忽略输入文件中的氢,让程序自动添加。如果是重原子缺失,则需要用其他建模软件补全结构。
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