错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type

xiaopacai

我在运行gromacs时候出现下面错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a moleculetype consisting of X atoms。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

这个警告或错误通常出现在处理多聚体（如同一蛋白的几个拷贝）时，且grompp或mdrun将本应分开的几个单体错误地识别为了一个巨大的分子，导致其内部原子跨越周期性边界。检查拓扑定义：确保在拓扑文件的[ molecules ]部分，每个单体是作为独立的分子列出的，而不是合并成一个大的分子条目。确认坐标文件（.gro/.pdb）中，属于不同单体的原子是连续排列的，并且没有用"链终止"标识错误地连接在一起。