错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1

hutu8

我在运行gromacs时候出现下面错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1 之后无提示地终止。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

这是一个比较棘手的问题，通常意味着你的输入文件（特别是拓扑文件）存在严重但非语法性的错误，导致 grompp 无法继续生成 tpr 文件。这是一个综合性问题。需要系统地检查拓扑文件中的原子类型、成键参数是否正确，以及各个 .itp 文件是否完整。有时，从 CHARMM-GUI 等工具生成的复杂体系更容易遇到此问题，可以尝试逐步回退，从简单的能量最小化步骤开始排查。