GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？

hantian

请问怎么用 GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？

admin

用 gmx rmsd，两步搞定：
先对齐、算 RMSD：
gmx rmsd -s md.tpr -f md.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
弹出选择时：
第一组选 Protein-H（蛋白）
第二组选 Backbone（主链）
用 Grace/xmgrace 打开 rmsd.xvg 直接出图，横坐标时间 (ns)，纵坐标 RMSD (nm)。