请教：GROMACS 中金属原子的 top 文件要怎么写

Vex

请教：GROMACS 中金属原子的 top 文件要怎么写

lauthirteen

如果是一个单独的金属离子考虑.可以参考力场目录下面的ions.itp写法:
; molname       nrexcl
K               1

[ atoms ]
; id    at type         res nr  residu name     at name  cg nr  charge
1       K               1       K               K        1      1.00000


如果是金属离子含有共价键,就比较复杂了.具体讨论