想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？

Mirage · 发表于 2026-3-16 11:15:14

想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？?我的活性口袋在这个区域，可以不补全缺失残基的loop端进行md吗（由于这个loop很长，我生成的盒子也很大）;就是我的蛋白是同源二聚体，活性口袋也是在A链，我进行RMSD等后续分析时，是需要分析整个蛋白还是A链啊？

Mirage · 发表于 2026-3-16 11:16:55

图片如下

lauthirteen · 发表于 2026-3-16 18:07:06

这个结果不好，二级结构都没有建立。建议用同源建模补全

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想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？

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