Ambertool和acpype安装和使用

lauthirteen

AmberTools对于GROMACS用户来说，主要是使用其生成小分子的itp文件。这里为大家介绍一下AmberTool、acpype简单快速的安装方法和使用方法。不需要繁琐的编译，很快就能上手。安装该版本对于GROMACS用户来说已经足够可以使用。

1. 安装Miniconda

（若有Miniconda或者anaconda可以不用安装）

在下列网址下载对应版本的安装包，我们这里选用linux版本：Miniconda3-latest-Linux-x86_64。

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

在终端执行下面命令即可安装：

1. sh  Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

复制代码

若想直接初始化conda，在下图中选择yes：

选择no也可以，不过需要自己配置一下环境变量，把下面语句加在自己bashrc文件里：

1. export PATH=/root/miniconda3/bin:$PATH

复制代码

注意，这里/root/miniconda3/bin需要改成自己的安装路径。若安装有问题，可加入QQ群（709020941）咨询。

2. 安装AmberTools

使用下面命令创建AmberTools的环境：

1. conda create --name AmberTools

复制代码

创建完成之后，激活该环境（每次使用AmberTools均需要激活）：

1. conda activate AmberTools

复制代码

激活后可以发现，命令行最前面显示了：（AmberTools），有些机子不会显示。

使用下面命令安装AmberTools：

1. conda install -c conda-forge ambertools compiler

复制代码

目前来说，默认安装的是AmberTools21版本，若想用22版本，可以使用下面命令：

1. conda install -c conda-forge ambertools=22 compiler

复制代码

不过该版本要求系统需要有一些高版本的库，可能会安装不上。

等系统安装完成，会提示如下图所示内容：

输入antechamber命令回车测试是否安装成功：

3. 安装acpype

直接在刚才创建的ambertools环境下，输入下面命令：

1. conda install -c conda-forge acpype

复制代码

目前安装的是2022.1.3版本

安装完成之后输入：acpype 提示下图即安装成功：

4. 使用acpype

当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后，acpype会自动调用ambertools，生成GROMACS的top、itp文件。

1） acpype可以支持SMILES格式输入，如生成一个C4H6分子：

1. acpype -i CCCC

复制代码

运行完成会生成一个smiles_molecule.acpype文件夹，里面即为生成的gro文件和itp文件。即包括了GAFF力场的，也生成了OPLS力场。还有其小分子的限制文件。

注意，若使用GAFF力场，则选择：

smiles_molecule_GMX.gro、

smiles_molecule_GMX.itp、

smiles_molecule_GMX.top。

若使用OPLS力场，则选择：

smiles_molecule_GMX.gro、

smiles_molecule_GMX_OPLS.itp、

smiles_molecule_GMX_OPLS.top

2）同样，我们也可以使用pdb文件作为输入：

1. acpype -i test.pdb

复制代码

会生成test.acpype文件夹，里面包含了同样的内容。

3）若分子结构具有电荷，则可以使用下面命令：

1. acpype -i test1.pdb -n -1  

复制代码

4）还可以选择生成力场，在命令里面添加：-a {gaff,amber,gaff2,amber2}，如想使用amber，则输入命令：

1. acpype -i test1.pdb -a amber

复制代码

默认的是：gaff2。上述amber 代表AMBER14SB、amber2 代表AMBER14SB +GAFF2。