求助：gromacs模拟MXene膜固体材料

sxugm

我做的模型大致如下（海水淡化）：石墨烯| 海水区 | MXene | 纯水区 | 石墨烯，海水区模拟的是0.5M的海水（2770H2O+23Na+和23Cl-），纯水区添加了717个H2O，MXene材料用的是Ti3C2，在组装盒子把pdb文件转为gro文件之后（第一张图），做完em我用VMD查看了em.gro文件，出现了如2图所示（其中比较大的蓝色的球代表MXene材料里的C，粉色的代表Ti原子，石墨烯里的C原子也是蓝色的），可以看到固体材料原子已经飞散了，还未到后续施加压力步骤盐离子已经提前扩散，求大佬指教！

lauthirteen

石墨烯应该冻结住

sxugm

lauthirteen 发表于 2026-3-27 08:57
石墨烯应该冻结住

是通过写索引文件来冻结吗，我试着在em的时候写入了冻结的参数，可是还是会原子飞散，求指教！

lauthirteen

索引文件不是冻结文件，可以在mdp里面加入：
freezegrps = MOL
freezedim = Y Y Y
这种关键字。MOL改为你想冻结的残基名称。如果有多个，可以继续追加，类似：
freezegrps = MOL  UNK
freezedim = Y Y Y Y Y Y

sxugm

lauthirteen 发表于 2026-4-1 16:47
索引文件不是冻结文件，可以在mdp里面加入：
freezegrps = MOL
freezedim = Y Y Y

非常感谢！我这就去试试