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通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后,执行以下 grompp 命令:gmx grompp -f em.mdp

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发表于 前天 10:01 | 显示全部楼层 |阅读模式
通过 ATB 网站构建小分子的拓扑文件后,执行以下 grompp 命令:gmx grompp -f em.mdp -c solv.gro -r solv.gro -p topol.top -o ions.tpr -maxwarn 4运行时出现报错.
ERROR 1 [file NAD_8BBB_GROMACS_G54A7FF_allatom.itp, line 65]:
Atomtype HS14 not found
在请问:如何正确使用 ATB 生成的拓扑文件,才能避免该报错,并顺利向溶剂化盒子中添加离子?
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