多体系分子动力学轨迹PCA分析的参考结构选择方法

yuntian

大家好，我现在有四个蛋白-核酸-蛋白复合体系，分别命名为A、B、C、D，其中A体系是空白对照组，四个体系的蛋白-核酸核心结构都是完全一致的，模拟的研究目的是探究不同的小蛋白结合到大蛋白上时，大蛋白的结构变化情况。基于这个研究目的，我使用Amber软件的cpptraj模块做了PCA分析，但在查阅相关文献后，我发现自己的分析方法可能存在问题，目前我是对四个体系分别独立做的PCA分析，而文献中的分析方法我没有完全理解，尤其是他们是如何确定PCA分析的参考结构的。现在我有几个疑问：如果以A体系作为参照，我可以直接用A体系补全后的晶体结构作为PCA分析的参考结构吗？如果用A的晶体结构作为参考结构，那针对A体系本身的PCA分析还有没有必要做？如果不能用A的晶体结构作为参考结构，我应该怎么选择合适的参考结构？