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CO₂- 水体系交叉相互作用参数修改 GROMACS 实操求助

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发表于 3 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
在做二氧化碳 - 水体系的模拟,参考了相关文献,遇到了力场参数修改的核心问题,自己琢磨不透,来向大家请教!

文献中采用的组合是:水模型 TIP4P/ICE + 二氧化碳 TraPPE 力场,并且对二氧化碳 - 水分子之间的交叉相互作用参数做了修正(添加了修正因子 χ,调整了 CO₂与水氧原子之间的 ξ 参数)。
  • 文献里这种分子间交叉相互作用的参数修正,在 GROMACS 中具体怎么操作?是在拓扑文件(top/itp)里添加,还是修改 mdp 参数?
  • 我目前的理解:拓扑文件里只定义水、CO₂各自的键角、原子参数,不同分子之间的作用力是靠力场默认的组合规则(比如 Lorentz-Berthelot)自动计算的,这个理解是否正确?
  • 力场的组合规则是固定的吗?如果我要手动修改 CO₂- 水的 LJ 交叉参数、添加修正因子,该如何覆盖默认规则?

刚接触气液体系的参数修正,完全摸不清操作方法,麻烦有相关经验的大佬指点一下具体步骤,万分感谢!

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