grompp 报错体系总电荷非零，手动核算与软件结果偏差大求排查

coyvdhx

我在整合体系拓扑时遇到了电荷统计异常的问题，反复核对数值仍找不到原因，特此求助。

我搭建的体系包含 A、B 两种分子，为适配模拟需求，手动编辑了二者 itp 文件内 [atoms] 字段的原子电荷。单独累加后，单个 A 分子总电荷为 0.0001 e，单个 B 分子总电荷为 - 0.000001 e。

体系内共放置 360 个 A 分子、444 个 B 分子，按数值计算整体总电荷应为：0.0001×360 + (-0.000001)×444 = 0.035556 e。但执行 grompp 命令后，软件提示体系总电荷并不为零，且显示的电荷数值和我手动计算的结果出入很大。

想问问大家，除了分子单体电荷累加之外，还有哪些环节会影响体系整体电荷统计？比如拓扑文件书写疏漏、残余离子 / 溶剂电荷、小数精度取舍、隐藏原子组分等问题，都有可能造成这种偏差吗？麻烦大家帮忙分析下常见诱因，谢谢！