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VMD 脚本统计指定 Z 区间氢键,脚本调试与运行问题求助

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发表于 1 小时前 | 显示全部楼层 |阅读模式
使用 VMD 做轨迹分析的朋友大家好。

目前需要统计轨迹1~2000 帧内,Z 轴 26~54 Å区间中,水分子(WATE)为氢键给体、SDS(1SDS)为受体的氢键数量。我参考现有脚本做了改写,但运行后没有输出结果,不清楚问题出在哪。

附上我修改后的脚本:

1.png

我的操作方式:打开 VMD 后,通过extensions-TK console-edit-load file加载该脚本文件,执行后无任何反应。

在此想请教两个问题:

  • 这份脚本本身写法是否存在错误?能否实现限定 Z 轴范围、指定帧区间、区分氢键给体 / 受体的统计需求?
  • 除了加载脚本文件之外,是否还需要额外执行调用命令?目前加载后无输出,大概率是运行步骤或语法问题,希望大家帮忙指正,谢谢!


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