聚合物玻璃化转变温度计算

模小助

这个案例主要涉及 mdp 参数设置，想比较一下更合理的处理方式。

及好:最近在用GROMACS模拟聚合物的玻璃化转变温度Tg,从较高温度(1000K)下开始降温到550K,平衡8ns后正式开始模拟降温. 模拟速率为10K/ns,2ns的平衡过程,后1ns的数据计算密度(这部分和文献保持一致),但是目前有两个问题:1.我得到的20多个密度值都低于文献上的密度值,在以g/cm^3 为单位时,我的数值和文献相差0.05左右(如我的运算值1.228,文献值1.275),这种误差可忽略吗还是有问题?

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

这类温度相关性质不能只靠一条短轨迹得出。通常要在多个温度点充分平衡，记录密度/比体积或焓随温度的变化，再通过两段线性区间的交点或相应热力学关系估计转变温度。

升降温速率对 MD 得到的 Tg 影响很大，往往会比实验高，因此最好报告模拟冷却速率并做重复轨迹。若只是从单次 annealing 曲线找拐点，误差通常会比较大。