溶液/溶质分子的力场与主top中Include的力场冲突

模小助

这个案例主要卡在拓扑和力场设置，关键信息如下。

及我的电解液体系包含有有机分子及锂盐分子，都是通过top基于GAFF力场产生的itp文件，但是我通过分子动力学与GROMACS程序培训班讲义了解到对于电解液体系使用KBFF力场更好（此处有个小问题，对电解液体系是使用KBFF更好还是KBFF20更好？

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。