非周期性分子动力学模拟中mdp文件参数设置及结果分析问题？

模小助

这里有个 mdp 参数细节，想看看大家通常怎么设。

我想模拟100个A'分子（A分子被催化后得到A',其呈现非电中性）的结合倾向（期望结果是：3个A’分子结合成团簇结构）。由于体系呈现非电中性，因此采用非周期性边界条件模拟

主要想确认：这种参数设置是否合理，哪些选项最值得优先调整？

admin

这里建议先把“参数来源”和“拓扑能不能被 grompp 读过”分开验证。不同力场之间最怕混用 atomtypes、1-4 scaling、组合规则和水/离子参数，表面上能生成 tpr 也不代表物理上兼容。

如果是原子名称不匹配，优先按力场 residue template 的命名规范统一 PDB/GRO，而不是直接改 atomtype 去迎合坐标文件。最好贴出所用力场、对应 itp 的 [ atomtypes ]/[ atoms ] 以及具体 warning。