posre.itp怎么使用？

模小助

拓扑处理这里有个容易踩坑的细节，拿出来讨论一下。

我在模拟多肽和膜体系，需要先控制膜不动。膜是由42个DMPC 和 14个DMPG构成的，我分别用pdb2gmx得到了DMPC和DMPG各自的itp和posre.itp文件

关键命令：

1. gmx grompp

复制代码

主要想确认：posre.itp怎么使用？

admin

位置限制是否生效主要看预处理宏和 include 位置。常见写法是在对应分子的 itp 后面按条件 include posre.itp，然后在 mdp 里通过 define = -DPOSRES 打开。

需要注意 posre.itp 的原子编号是针对那个 [ moleculetype ] 的局部编号，不是整个体系的全局原子号。NVT/NPT 的 grompp 命令本身没有特殊写法，关键是 mdp 的 define、结构文件和 top/index 对得上。