gmx density命令统计离子的数密度的问题

模小助

整理一个轨迹分析/作图问题，重点是结果该怎么判断。

最近使用GROMACS中的 命令统计体系中的离子的数密度，产生了一些疑惑如果输入 *.gro -s *.tpr -n *.ndx -dens num -d z -sl * 统计的是某一帧的选定的某离子的数密度的话，输入 *.xtc -s *.tpr -n *.ndx -dens num -d z -sl * -b 7000 -e 10000 统计得到的数密度，是指从7000ps 到1000ps范围内所有帧的某离子数密度的平均值吗？

关键命令：

1. gmx density
2. gmx density -f

复制代码

主要想确认：这个结果应该怎样理解，当前分析流程有没有需要调整的地方？

admin

密度分析要先确认你需要的是质量密度、数密度还是电荷密度，以及 profile 的方向。对于离子/界面体系，分组和归一化方式会显著影响纵轴含义。

如果是沿 z 方向看离子分布，建议先把界面或膜中心对齐，再对稳定时间段统计；否则界面整体漂移会把峰展宽。最终作图时把 bin 宽度、单位和是否做时间平均写清楚。