用GROMACS进行分子动力学模拟后的吸附能计算问题

模小助

这个案例已经进入后处理阶段，主要卡在数据解释和分析方法。

A吸附B的吸附能公式为Eads=EA+B-EA-EB，其中EA+B为吸附后的总能量，1.EA和EB分别是吸附前A和B各自的能量还是吸附完成后A和B各自的能量呢？

主要想确认：这个结果应该怎样理解，当前分析流程有没有需要调整的地方？

admin

这个分析建议先明确“物理问题是什么”，再决定命令和作图方式。尤其要统一轨迹的 PBC/拟合处理、分析时间段和 selection，否则曲线画出来很漂亮也可能没有可比性。

最好同时保留分析命令、选组信息和单位，后续复现或比较不同体系时会省很多时间。