加入抗衡例子后不能产生gro文件

模小助

整理一个 ITP/TOP 相关问题，重点看参数和连接方式是否合理。

我最近在用GROMACS(2020.6_GPU)模拟A分子和B分子的自组装，溶剂是DMSO，A和B分子的拓扑文件都是通过top得到的，DMSO的拓扑文件通过antechamber得到，溶剂盒子通过NPT模拟得到。但是在使用指令： 产生了tpr文件，但是下一步使用指令： –neutral并没有得到相应的system.gro文件

关键命令：

1. gmx grompp -f em.mdp -c complex_SOL.gro -p top.top -o em.tpr-maxwarn 1
2. gmx genion -s em.tpr -p top.top -o system.gro

复制代码

主要想确认：这种拓扑/力场处理是否合理，有没有更稳妥的设置方式？

admin

先区分“参数化后的分子净电荷”和“整个模拟盒子的净电荷”。带电分子本身当然可以是整数正/负电荷；体系是否中性则通过加入抗衡离子来处理。

如果 grompp 提示总电荷不是接近整数，优先检查每个 moleculetype 的部分电荷和 [ molecules ] 数量是否正确；如果是明确的 ±1、±2 等整数净电荷，则再根据体系需要用 genion 或预先加入的离子中和。