运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...

xiaopacai

我在运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ... Fmax = inf。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

能量最小化开始时迅速失败，并报告水分子无法沉降，同时势能（Epot）为无穷大。这通常意味着体系内存在严重的原子重叠或空间冲突，导致力场计算出无限大的能量。问题很可能出在添加溶剂或离子后的结构上。可能是溶剂分子放置位置离溶质过近，或者离子被放到了不合理的位置。