请问大家应该如何解决呢?Atom index n in position_restraints out of bounds (1-X)。

qaz

我在运行gromacs时候出现下面错误：Atom index n in position_restraints out of bounds (1-X)。请问大家应该如何解决呢？

admin

这是位置约束最常见的错误。每个分子的位置约束文件（如posre.itp）是属于该特定分子类型的。文件中的原子索引（如1 1 1000 1000 1000）是相对于该分子内部的原子序号。如果你错误地将所有约束文件一股脑地包含在所有分子定义之后，就会导致原子索引错乱。必须将位置约束文件的#include指令紧跟在它所归属的分子类型定义之后，并且放在#ifdef POSRES ... #endif块内。例如：
#include "tops/protein.itp"
#ifdef POSRES
#include "tops/posre_protein.itp"
#endif