我运行 GROMACS 时出现错误？

qaz

我运行 GROMACS 时出现错误：Number of coordinates in coordinate file does not match topology，

admin

这错误通常发生在solvate或genion步骤之后。主要原因有两个：你用gmx solvate添加了水分子，系统原子数增加了，但你忘了更新topol.top文件，导致[ molecules ]段落下SOL的数量还是旧的。重复执行solvate：有时会因为操作失误，连续运行了两次gmx solvate，导致坐标文件（.gro）被加了两次水，而拓扑文件.top也被追加了两次SOL条目，原子总数翻倍。检查你的topol.top文件末尾，如果发现有连续两行（或多行）SOL，保留一行总数正确的，删除其余的行。