能量最小化时出现 Stepsize too small, or no change in energy

hutu8

我在运行gromacs能量最小化时出现 Stepsize too small, or no changein energy。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

体系中有原子严重重叠，产生了无限大的排斥力。这通常不是 .mdp 本身的问题，而是初始结构有问题. 仔细检查初始结构文件（.gro 或 .pdb），特别是报错提示的原子（如 atom=2700）及其周围环境。可能是在建盒或添加溶剂/离子时，某个原子被放到了不合理的位置