运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp

hutu8

我在运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

在 .mdp 文件中设置了 define = -DPOSRES，但从输出的mdout.mdp或模拟行为上看，约束似乎没有起作用。对 define 的工作机制理解有误。define 指令是在 grompp 预处理拓扑文件时使用的宏，它告诉预处理器包含拓扑文件中 #ifdef POSRES ... #endif 块内的内容。一旦拓扑文件被读取并生成 tpr 文件，位置约束信息就被固化在 tpr 中了，define 这一行本身不会出现在从 tpr 导出的 .mdp 文件里。要确认约束是否生效，不应在导出的 .mdp 文件中寻找 define 行，而应使用 gmx dump -s topol.tpr | grep posres 或在 tpr 文件的文本转储中查找 posres_xA 等字段，如果存在具体的约束坐标和力常数，则说明约束已成功施加。