运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found

hutu8

我在运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found... （但体系中有配体）。请问大家应该如何解决呢？

lauthirteen

索引文件（.ndx）中定义的组名与 .mdp 中引用的组名不完全一致（例如索引文件中是 Ligand，而 .mdp 中是 LIG。首先检查 grompp 命令，确保 -n 只出现一次且后面跟的是正确的索引文件名 。然后用文本编辑器打开索引文件，确认里面的组名拼写，或根据拓扑文件中的分子类型名来修改 .mdp 中的引用。