关于PMF中参考组和牵引组的设置

Lisy

文献中的模拟体系是a图，要得到f图的PMF，采用伞型采样的方法，请问参考组和牵引组应该如何选取比较好呢？

lauthirteen

参考组就设置为这个膜的质心就行。但是选取整个膜有时候会提示模拟盒子太小，不能牵引。如果是这样，在这个膜中间选取一个原子作为参考组即可，这个原子单独索引出来即可。牵引组就设置需要拉的那个目标分子或者原子即可。

Lisy

lauthirteen 发表于 2026-3-13 10:45
参考组就设置为这个膜的质心就行。但是选取整个膜有时候会提示模拟盒子太小，不能牵引。如果是这样，在这个 ...

好的，谢谢刘老师！一般来说，如果不是做PMF的话，他这个模拟就是一个NEMD的推拉模拟，通过推左边的挡板把聚合物链挤到孔里去（我猜是给挡板加个速度），那现在做这个PMF，本身也是一个牵引的模拟，是不是就和这个推拉模拟冲突了？如果做这个PMF，那原来推拉的那些速度参数啥的还要保留吗？还是要全部删去，做常规的平衡MD，只是填加做PMF的那些牵引参数拉目标分子就可以呢？

lauthirteen

是的，二者是冲突的。做PMF就不要推拉模拟了，然后给挡板一个加速度，然后计算分子通过的量。而做PMF是针对某个分子进行pull，计算PMF。这二者需要分开做。但是也可以用pull代码直接牵引挡板，只是后面不做伞形采样计算PMF。