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模拟报错今日: 0|主题: 15|排名: 3

本模块专为 GROMACS 分子动力学模拟用户提供交流平台，用于分享模拟过程中遇到的问题、交流经验、共同排查与解决各类报错及运行故障。

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	公告: 4 月 10 日 - 12 日，Gromacs精品小班，“零基础 + 课题急需” 的科研人量身设计，由北大博士后刘建川14 年实战亲授。	admin 2026-3-22

	我用 gmx hbond 分析氢键数量时，得到的平均氢键数异常，求助？ New	moou 5 天前	122	lauthirteen 3 天前
	老师我在进行npt平衡时出现了这个问题请问是什么原因呢 New	114511 5 天前	122	lauthirteen 5 天前
	模拟报错	糯米糖葫芦 2026-3-19	139	lauthirteen 2026-3-20 12:55
	用 GROMACS 计算 Zn²⁺ 与小分子氧原子的 RDF，结果如何判断是否合理？	luxiaot 2026-3-18	132	lauthirteen 2026-3-19 10:07
	配置GPU加速时失败，提示CUDA架构不支持或版本不匹配	xiaopacai 2026-3-10	155	lauthirteen 2026-3-10 14:31
	安装后无法运行 gmx 命令。请问大家应该如何解决呢？	xiaopacai 2026-3-10	147	lauthirteen 2026-3-10 14:31
	运行gromacs时候出现下面错误：There are probably atoms missing earlier in the pdb	xiaopacai 2026-3-10	149	lauthirteen 2026-3-10 14:31
	错误：Invalid order for directive 'xxx'	xiaopacai 2026-3-10	139	lauthirteen 2026-3-10 14:30
	Fatal error: number of coordinates in coordinate file (xx.gro, N) does not match	xiaopacai 2026-3-10	136	lauthirteen 2026-3-10 14:30
	运行gromacs时候出现下面错误：Atom index n in position_restraints out of bounds	18380446913 2026-3-10	141	lauthirteen 2026-3-10 14:29
	错误：Only triclinic boxes with the first vector parallel to the x-axis and the	18380446913 2026-3-10	146	lauthirteen 2026-3-10 14:29
	运行gromacs时候出现下面错误：Cannot allocate memory	18380446913 2026-3-10	132	lauthirteen 2026-3-10 14:29
	错误：Fatal error: The total potential energy is nan/inf	dongji 2026-3-10	131	lauthirteen 2026-3-10 14:28
	错误：Step X: Some atoms have moved too far 或 LINCS WARNING: relative coordinat	dongji 2026-3-10	129	lauthirteen 2026-3-10 14:28
	错误：Segmentation fault (core dumped)	dongji 2026-3-10	133	lauthirteen 2026-3-10 14:27

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