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ITP/TOP拓扑文件 今日: 0|主题: 21|排名: 1 

本模块 GROMACS 拓扑文件（ITP/TOP） 相关交流，用于讨论拓扑生成、参数修改、力场配置、报错排查等问题，帮助大家正确构建与调试模拟体系。
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公告: 4 月 10 日 - 12 日，Gromacs精品小班，“零基础 + 课题急需” 的科研人量身设计，由北大博士后刘建川14 年实战亲授。 admin 2026-3-22    
GROMACS 拓扑报错：ITP 文件找不到 / 重复定义分子类型 New reac 昨天 10:03 14 lauthirteen 昨天 10:44
GROMACS 运行报错：Undefined atom type 原子类型未定义 新人帖 New reac 昨天 10:02 13 lauthirteen 昨天 10:44
各位老师同学有个 OPLSAA 力场的小问题想请教大家： 新人帖 licheng 2026-3-25 117 lauthirteen 2026-3-25 12:37
求助！GROMACS2024.1 做蛋白 - 小分子模拟，top 文件错误导致能量最小化失败，该怎么 新人帖 pcc 2026-3-25 115 lauthirteen 2026-3-25 12:03
Ambertool和acpype安装和使用 lauthirteen 2026-3-19 051 lauthirteen 2026-3-19 19:28
生成GLYCAM力场的纤维素(多糖)及其衍生物TOP文件 新人帖 lauthirteen 2026-3-19 025 lauthirteen 2026-3-19 11:45
用 CGenFF 处理 Mol2 文件用于 GROMACS 拓扑时失败，该如何处理？ 新人帖 qianwen 2026-3-18 129 lauthirteen 2026-3-19 10:10
拓扑文件报错? 新人帖 baomis 2026-3-18 126 lauthirteen 2026-3-19 10:09
刘建川・GROMACS | TOP/ITP文件讲解视频 admin 2026-3-16 029 admin 2026-3-16 11:01
求助：如何使用 Sobtop 创建铁硫蛋白中铁硫簇 [Fe2S2] 的 GROMACS 拓扑文件 新人帖 Quasar 2026-3-13 134 lauthirteen 2026-3-13 15:07
请教：GROMACS 中金属原子的 top 文件要怎么写 Vex 2026-3-13 132 lauthirteen 2026-3-13 15:05
错误：No such moleculetype "XXX"。请问大家应该如何解 双双 2026-3-10 136 admin 2026-3-10 14:55
错误：Atomtype X not found? 新人帖 qaz 2026-3-10 135 admin 2026-3-10 14:54
请问大家应该如何解决呢?Atom index n in position_restraints out of bounds (1-X)。 qaz 2026-3-10 129 admin 2026-3-10 14:54
我运行 GROMACS 时出现错误？ qaz 2026-3-10 120 admin 2026-3-10 14:53
[GROMACS] Moleculetype "XXX" is redefined? qaz 2026-3-10 117 admin 2026-3-10 14:52
找不到SOL组 qaz 2026-3-10 118 admin 2026-3-10 14:52
小白求助：Found a second defaults directive file qaz 2026-3-10 119 admin 2026-3-10 14:51
gromacs时候出现下面错误：Invalid order for directive 'atomtypes' 双双 2026-3-10 133 admin 2026-3-10 14:50
Atom X in residue YYY not found in rtp entry?? 双双 2026-3-10 116 admin 2026-3-10 14:50
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