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本模块用于 GROMACS 之外的分子模拟相关软件交流讨论，包括建模、分析、可视化等工具的使用技巧与问题解答。

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求助：GROMACS 如何计算分子沿 Z 轴方向的自扩散系数？	ndgzjsoj 2026-6-5	053	ndgzjsoj 2026-6-5 14:36
请教 Gromacs 如何计算通道 / 活性位点的水分子流量（进出数量）	gmzcfmd 2026-6-1	188	lauthirteen 2026-6-3 10:54
关于二面角的疑问	Lisy 2026-5-7	165	lauthirteen 2026-5-26 21:44
想问下如何分析电解液中 SSIP、CIP、AGG 这类溶剂化结构的占比？需要自己写脚本吗？有	sunshe 2026-4-30	1107	lauthirteen 2026-5-26 21:43
多体系分子动力学轨迹PCA分析的参考结构选择方法	yuntian 2026-5-21	050	yuntian 2026-5-21 21:51
请问xvg格式的文件用什么软件打开好看些呢？	zhidun3 2026-5-11	180	lauthirteen 2026-5-12 10:03
如何计算体系孔径分布、三维探针分布、连通性精华1	admin 2026-3-16	1240	lucksanmu 2026-5-11 14:22
在分子模拟过程中，配体 A 较配体 B 可形成更多氢键，这一特征是否也能佐证配......	lilis 2026-4-27	191	lauthirteen 2026-4-29 08:45
我试过网上现成的 Martini 可视化脚本，运行一直报错。导入拓扑文件提示缺少键参数目?	Xuab 2026-4-20	185	lauthirteen 2026-4-22 10:00
求助：我构建了一套粗粒化模型，在 VMD 里切换成 VDW 显示模式后，只显示粗粒化珠...	Xuab 2026-4-20	1105	lauthirteen 2026-4-22 09:58
请问模拟过程的熵变如何计算	Lisy 2026-4-7	176	lauthirteen 2026-4-7 16:41
Gromacs怎么计算内聚能？	XXX 2026-4-3	180	lauthirteen 2026-4-3 14:43
计算蛋白质 RMSF 曲线出现 “乱连”	lisyw 2026-3-25	160	lauthirteen 2026-3-27 08:58
如何分析速度分布	Lisy 2026-3-19	181	lauthirteen 2026-3-20 14:08
如何将 GROMACS 的 xtc 轨迹文件？	Solstice 2026-3-13	061	Solstice 2026-3-13 11:31
Gromacs：计算锂离子 msd（均方位移）时 msd 出现了降低的现象？	Solstice 2026-3-13	093	Solstice 2026-3-13 11:27
求助：能否将 gromacs 的 densmap 命令产生的.xpm 文件转化成能用于 origin 画图的数	Vex 2026-3-13	081	Vex 2026-3-13 11:17
RMSF 残基波动图怎么画？	hantian 2026-3-10	182	admin 2026-3-10 16:19
GROMACS 算蛋白主链 RMSD 并出图？	hantian 2026-3-10	167	admin 2026-3-10 16:18
怎么算蛋白回旋半径 Rg（紧凑度）并作图？	hantian 2026-3-10	069	hantian 2026-3-10 15:47

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