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模型构建今日: 0|主题: 15|排名: 4

本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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	公告: 4 月 10 日 - 12 日，Gromacs精品小班，“零基础 + 课题急需” 的科研人量身设计，由北大博士后刘建川14 年实战亲授。	admin 2026-3-22

	gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	126	lauthirteen 2026-3-25 12:00
	求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	123	admin 2026-3-23 14:38
	Gromacs如何交联模拟（含视频）	admin 2026-3-19	077	admin 2026-3-19 18:08
	想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	236	lauthirteen 2026-3-16 18:07
	磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	025	阿布拉卡 2026-3-14 23:20
	运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	146	lauthirteen 2026-3-10 14:36
	错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	134	lauthirteen 2026-3-10 14:36
	运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	131	lauthirteen 2026-3-10 14:36
	错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	132	lauthirteen 2026-3-10 14:35
	错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	129	lauthirteen 2026-3-10 14:35
	运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	130	lauthirteen 2026-3-10 14:34
	在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	131	lauthirteen 2026-3-10 14:33
	运行gromacs时候gmx genion无法中和体系或找不到溶剂组	dongji 2026-3-10	124	lauthirteen 2026-3-10 14:33
	错误：Out of memory	dongji 2026-3-10	116	lauthirteen 2026-3-10 14:33
	错误：Chain identifier 'X' was used in two non-sequential blocks。请问大家应该如	dongji 2026-3-10	115	lauthirteen 2026-3-10 14:32

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