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本模块用于 GROMACS 模型构建相关交流，包括蛋白 / 小分子 / 复合物建模、盒子搭建、溶剂化、加离子、初始结构处理等操作讨论与问题解决。

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请问高斯 / ORCA 优化后为啥要算 RESP 电荷？对 MD 有啥用？	shouss 2026-5-13	121	lauthirteen 前天 09:33
各位老师好，我目前想做二氧化硅相关模拟,请问有没有相关资料？谢谢	zhidun3 2026-5-11	116	lauthirteen 2026-5-12 10:02
请问要得到小分子配体与蛋白最稳定的结合方式，分子动力学模拟的时长和步长一般设为多	kuaij 2026-4-30	024	kuaij 2026-4-30 10:06
目前我使用的是 RTX 3080 Ti 显卡，主要用于运行 GROMACS 进行蛋白质对接计算........	lilis 2026-4-27	124	lauthirteen 2026-4-29 08:43
我用 Packmol 构建了一个模拟盒：盒子中心是硫酸铵团簇，水分子分......	xuanwu2 2026-4-21	133	lauthirteen 2026-4-23 10:42
Gromacs可以模拟双配体的动力学模拟吗，有操作教程吗	xuanwu2 2026-4-21	131	lauthirteen 2026-4-23 10:41
磷酸铝的溶剂化模型搭建	阿布拉卡 2026-3-14	156	lauthirteen 2026-4-17 10:57
小分子复合物建模，合并 ITP 拓扑后 grompp 直接报错	xhh 2026-4-7	142	lauthirteen 2026-4-7 16:43
gmx solvate 溶剂化报错，分子超出盒子，无法加水	lingc 2026-4-7	143	lauthirteen 2026-4-7 16:42
gromacs如何导入交联的分子结构	fengqz 2026-3-25	167	lauthirteen 2026-3-25 12:00
求助：模拟MXene膜海水淡化过程....	ctcs 2026-3-23	157	admin 2026-3-23 14:38
Gromacs如何交联模拟（含视频）	admin 2026-3-19	0172	admin 2026-3-19 18:08
想请问各位大佬我的蛋白缺失残基和原子是用chimerax修复的，跑md这个结果理想吗？	Mirage 2026-3-16	271	lauthirteen 2026-3-16 18:07
运行gromacs时候出现下面错误：One or more water molecules can not be settled ...	xiaopacai 2026-3-10	1102	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：There are inconsistent shifts over periodic boundaries in a molecule type	xiaopacai 2026-3-10	178	lauthirteen 2026-3-10 14:36
运行gromacs时候出现下面错误：OP3 in residue A 1 was not found in rtp entry RA5..	xiaopacai 2026-3-10	157	lauthirteen 2026-3-10 14:36
错误：Invalid order for directive [xxx]	18380446913 2026-3-10	159	lauthirteen 2026-3-10 14:35
错误：Energy minimization does not converge (Fmax not reached)	18380446913 2026-3-10	144	lauthirteen 2026-3-10 14:35
运行gromacs时候出现下面错误：Invalid line in [file.gro] for atom N	18380446913 2026-3-10	157	lauthirteen 2026-3-10 14:34
在genion命令后出现 “No more replaceable solvent!" 错误	18380446913 2026-3-10	153	lauthirteen 2026-3-10 14:33

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