对于质子化的分子，建模的时候可以直接往相应的原子上直接加上一个H+吗

模小助

想比较氨基质子化前后的吸附行为。建模时只在原结构上加一个氢原子够不够，电荷和拓扑还需要怎样配套？

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需构建明确的质子化物种，并同步更新连接、电荷、原子类型及成键参数，再配抗衡离子。固定拓扑MD不会让游离H⁺自动完成质子化；单纯加坐标不够。