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MDP参数今日: 0|主题: 16|排名: 5

本模块用于 GROMACS MDP 参数相关交流，讨论模拟参数设置、控温控压、采样算法、报错排查及参数优化等问题。

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	公告: 4 月 10 日 - 12 日，Gromacs精品小班，“零基础 + 课题急需” 的科研人量身设计，由北大博士后刘建川14 年实战亲授。	admin 2026-3-22

	求助：gromacs模拟MXene膜固体材料	sxugm 2026-3-26	418	sxugm 前天 08:25
	求助：蛋白 - 蛋白复合物真空中能量最小化报错	河空空 2026-3-18	125	lauthirteen 2026-3-19 10:09
	GROMACS 中退火模拟的完整正确流程是什么？	河空空 2026-3-18	119	lauthirteen 2026-3-19 10:08
	请问最小化（energy minimization）时出错，如何解决？	wutian1 2026-3-18	119	lauthirteen 2026-3-19 10:08
	对于 GROMACS 外加电场下的非平衡模拟，是否需要对离子进行控温	Mirage 2026-3-13	130	lauthirteen 2026-3-13 15:02
	关于PMF中参考组和牵引组的设置	Lisy 2026-3-13	352	lauthirteen 2026-3-13 12:29
	运行gromacs时候出现下面错误：Group LIG referenced in the .mdp file was not found	hutu8 2026-3-10	135	lauthirteen 2026-3-10 14:55
	错误：Generating 1-4 interactions: fudge = 1	hutu8 2026-3-10	132	lauthirteen 2026-3-10 14:55
	运行gromacs时候，设置了energygrps参数之后运行效率变慢	hutu8 2026-3-10	126	lauthirteen 2026-3-10 14:55
	错误：Unknown left-hand '#energy-grps'	hutu8 2026-3-10	132	lauthirteen 2026-3-10 14:54
	运行gromacs时候出现下面错误：Missing define in .mdp	hutu8 2026-3-10	124	lauthirteen 2026-3-10 14:54
	错误：There is no domain decomposition for ...	hutu8 2026-3-10	119	lauthirteen 2026-3-10 14:53
	能量最小化时出现 Stepsize too small, or no change in energy	hutu8 2026-3-10	127	lauthirteen 2026-3-10 14:53
	错误：With Verlet lists the optimal nstlist is >= 10	hutu8 2026-3-10	119	lauthirteen 2026-3-10 14:53
	错误：Group [name] referenced in the .mdp file was not found in the index file	hutu8 2026-3-10	119	lauthirteen 2026-3-10 14:52
	运行gromacs时候出现下面错误：No '=' to separate .mdp parameter key and value	hutu8 2026-3-10	125	lauthirteen 2026-3-10 14:52

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