GROMACS计算相互作用能得到的能量项的问题

模小助

组间能量里看到Coul-14或LJ-14非零，有点疑惑。能据此认为两个独立分子之间存在1-4作用吗，还是要检查能量分组的含义？

admin

标准拓扑中1-4通常对应分子内连接。核对是否看的是全体系能量、组内项或跨连接定义；组间短程能不含完整PME远程贡献，不能直接解释为完整结合能。