两个蛋白对接复合物模拟位点与已知的结合位点符合程度较低

模小助

对接复合物跑MD后，接触位点和实验已知位点不太一致。

继续延长轨迹有可能把姿势修正过来吗，还是应该重新检查对接结果？

admin

局部MD不保证找到正确结合构象。先核对实验状态、初始姿势和接触定义，比较多个起点；RMSD稳定不能验证结合位点。comm-mode去整体运动也不等同于结构限制。