蛋白质和一个疏水平面做吸附模拟 如何建模，用VMD移动分子很难定向和控制距离

模小助

要做蛋白在PET表面的吸附模拟，希望指定结合面朝向表面，并控制起始间距。

有没有比在VMD里反复手动移动更明确的建模方法？

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用选定残基定义朝向向量，旋转蛋白后沿表面法向平移，并检查最近原子距离。Packmol主要处理排布和重叠，不能替代结合位点定义；晶面跨周期连接也需核对。