做了一个500aa大小的二聚体蛋白模拟，200ns，审稿人提出rmsd未达到收敛

模小助

二聚体蛋白模拟200 ns后，RMSD仍有漂移，审稿人因此质疑未收敛。

除了继续延长模拟，还有哪些证据适合用来判断和回应？

admin

分别分析单体、整体及界面，并检查拟合选择、分段统计与独立重复。RMSD平台不等于全面收敛；若目标量仍漂移，应增加采样或收缩结论。